分子構造の表示について


分子構造はPDB (Protein Data Bank) 型式で保存されます。これを見るためには、RasMolなどのツールを使います。RasMolはMac OS (X含む), Microsoft Windows, Linuxなどのさまざまなプラットフォームで使えます。
RasMolについての詳しい情報は、http://rasmol.org/をご覧ください。

■ RasMolのインストール

RasMolのインストール

RasMolは以下のサイトから入手できます。
http://rasmol.org/
圧縮されたバイナリファイルとヘルプファイルをダウンロードし、展開します。ヘルプファイルはバイナリファイルと同じディレクトリに入れてください。
Windows help用のマニュアルも同所から入手できます。

起動、分子の読み込み

展開されたRasMolファイルをダブルクリックして起動すると、graphicsウィンドウとcommand lineウィンドウが表示されます。graphicsウィンドウのFileメニューから「Open...」を選択し、分子ファイルを選択します。

マウスボタンの使い方

graphicusウィンドウでは、ドラッグ操作による回転/ズームおよびメニューバーからのメニュー操作が可能です。

Windows
Macintosh
回転
左ボタン
マウスボタン
平行移動
右ボタン
Command+ボタン
Z軸回転
Shift+右ボタン
Shift-Command+ボタン
ズーム
Shift+左ボタン
Shift+ボタン
Slab面の変化
Ctrl+左ボタン
Ctrl+ボタン
RasMol Window
graphicsウィンドウ:分子のグラフィックスが表示されます。

■ RasMolのヘルプ

RasMol Command Window
Command Lineウィンドウ:ヘルプを見るほか、原子を選択したり、表示方法を変えるなどの作業も可能です。

ヘルプ

ヘルプファイルがインストールされていると、command lineウィンドウからヘルプを参照することができます。

RasMol> help commands
入力できるコマンドの一覧が表示されます。

RasMol> help (コマンド名)
コマンドのヘルプが表示されます。

RasMol> help explessions
原子を指定する方法のヘルプがあります。

WindowsバージョンではWindows Help型式のヘルプの参照もできます。

■ ヒント

特定の残基の周辺を見たいとき

Settingsメニューで Pick Centreを選択するとクリックした原子を画面の中心にもってくることができます。また、OptionメニューでSlab Onオプションを有効にすると一部のZ範囲の原子しか表示されないため、見やすくなります。

特定の残基の表示方法を変えたいとき

command lineウィンドウからselectコマンドを入力すると任意の原子を選択することができます。選択した状態でDisplayメニューやColoursメニューを選択すると、選択された原子にのみ変更が適用されます。
例:アラニン残基をBall-and-Stick表示にする
RasMol> select 10-20
Displayメニュー→Ball & Stickを選択
commannd lineウィンドウからのほかのコマンドと組み合わせることもできます。
例:10残基から20残基までの色を変える
RasMol> select 10-20
RasMol> colour cyan

ほかのコマンドについては、ヘルプを参照してください。
Setting Menu



Back to top
Gifu International Institute of Biotechnology