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mtSAP 3D Structure
三次元構造に及ぼすmtSAPの影響の推定

アミノ酸置換のミトコンドリア呼吸鎖の機能に及ぼす影響を評価するために、mtSNPデータベースでは、各々のmtSAPまたは各々の個体で検出された一群のmtSAPsによって生じた構造変化を予測する分子シミュレーションをあらかじめ行いました。その計算結果を得られた構造を提供します。現在、ウシの酵素cytochrome c oxidaseおよびcytochrome bc1 complex (ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase)の三次元構造が明らかになっています。ウシ酵素のミトコンドリアおよび核にコードされた全てのサブユニットをヒト酵素のアミノ酸配列によって置き換えました。ヒトの酵素の構造をダイナミック分子シュミレーションシステムにより計算しました。mtSNPデータベースの3D構造セクションでは、各々のmtSAPまたは各々の個体で検出された一群のmtSAPsの構造変化をシミュレーションシステムにより予測する。あらかじめ蓄積された計算結果をprotein database format(PDB)ファイル形式として電子メールによってクライアントへ返信します。クライアントは受け取ったPDBファイルの情報をChime、RasMol等の3Dビュワーにより3D構造を見ることができます。RasMolの使い方はこちらにあります。

実行結果の例:

15497G>A (Cytb, Gly251S) CytbG251S.pdb
ImposeWt&CytbG251S.pdb