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tRNA/rRNA 2D Structure
tRNAの二次構造
トランスファーRNAの構造はSstructViewプログラム(http://smi-web.stanford.edu/projects/helix/sstructview/home.html) を使用し通常のクローバー葉構造で表示します。塩基置換の場所を表示させるためには、まず 1個のtRNA 遺伝子を選択し、OKをクリックします。すると、指定したtRNA遺伝子領域に存在するmtSNPsのリストが表示されます。対応するチェックボックスにマークすることにより1個または複数個のmtSNPを選び、OKをクリックします。tRNA分子の2D構造が表示されますので、構造を拡大したい場合は"zoom in" ボタンをクリックし、構造を縮小したい場合は"zoom out" ボタンをクリックします。選択したmtSNPは青色で強調表示されます。構造の中の塩基を確認するには、カーソルを塩基上に移動させます。この操作によりとその塩基の番号(1〜59-75)が表示されます。

rRNAの二次構造
12SリボソームRNA分子の二次構造はDr. Jan WuytsとProf. Rupert De Wachter (Department of Biomedical Sciences, Antwerp University (UIA), Belgium)によって予測された12S rRNA モデル(http://rrna.uia.ac.be/ssu/index.html)および16S rRNAモデル (http:// rrna.uia.ac.be/lsu/index.html) に従いSstructView (http://smi-web.stanford.edu/projects/helix/sstructview/home.html)プログラムを用いて表示ます。まず、 1個のrRNA 遺伝子を選び、OKをクリックします。すると、指定したrRNA遺伝子領域に存在するmtSNPsのリストが表示されます。対応するチェックボックスにマークすることにより1個または複数個のmtSNPを選び、OKをクリックします。rRNA分子の2D構造が表示されるので、構造を拡大表示したい場合は"zoom in" ボタンをクリックし、構造を縮小表示したい場合は"zoom out" ボタンをクリックします。選択したmtSNPは青色で強調表示されます。カーソルをある塩基上に移動させると、その塩基の番号が表示されます。この塩基番号はmtDNAの塩基番号ではなく、その遺伝子領域内の番号です。

 
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